Das Japan-Zentrum in seiner heutigen Form entstand durch die Vereinigung zweier japanwissenschaftlicher Institutionen (Institut für Ostasienkunde, Abteilung Japanologie sowie der zentralen Einrichtung Japan-Zentrum) unter dem Dach des Departments für Asienstudien im Jahre 2002. Es gehört zur Fakultät für Kulturwissenschaften (Fakultät 12).
Das Japan-Zentrum bündelt Lehre und Forschung zu Geschichte und Kulturgeschichte, Literatur, Religion und Philosophie, Gesellschaft, Politik und Wirtschaft Japans an der Ludwig-Maximilians-Universität München. Es arbeitet eng mit anderen ostasien-, kultur- und wirtschaftswissenschaftlichen Einrichtungen der LMU zusammen. Ferner koordiniert das Japan-Zentrum Forschungskontakte und Kooperationen zwischen der LMU München und japanischen Universitäten. Als Forschungseinrichtung ist das Japan-Zentrum in das Netz der nationalen und internationalen Japanforschung eingebunden.
In der Lehre werden Studierende der B.A.-, M.A.- und Promotionsstudiengänge Japanologie (Haupt- und Nebenfach) betreut. Das Japan-Zentrum informiert durch Vortragsveranstaltungen die interessierte Öffentlichkeit zu aktuellen japanbezogenen Themen. Es arbeitet mit deutschen, japanischen und anderen internationalen Institutionen zusammen, die sich auf kultureller, politischer und wirtschaftlicher Ebene für die deutsch-japanischen Beziehungen einsetzen.